Kontrole KAS, spory VAT i KKS dla przedsiębiorców

Dwa tryby, dwa zestawy reguł

Kontrola podatkowa a kontrola celno-skarbowa

Pierwsze pismo z urzędu decyduje o tym, jakie masz prawa. Kontrola podatkowa i kontrola celno-skarbowa wyglądają podobnie (ktoś ogląda dokumenty i zadaje pytania), ale opierają się na różnych ustawach i różnią się w miejscach, które decydują o wyniku.

Kontrola podatkowa (Ordynacja podatkowa, art. 281–292)

• Prowadzi ją naczelnik urzędu skarbowego. Co do zasady jest poprzedzona zawiadomieniem o zamiarze wszczęcia; kontrolę wszczyna się nie wcześniej niż po 7 dniach i nie później niż przed upływem 30 dni od doręczenia zawiadomienia (art. 282b). Są wyjątki, m.in. gdy kontrola dotyczy zwrotu VAT albo niezgłoszonej działalności (art. 282c).
• Kontrolujący działają na podstawie upoważnienia, które określa zakres i okres kontroli. Poza ten zakres nie mogą wychodzić.
• U przedsiębiorcy obowiązują limity czasu z Prawa przedsiębiorców (art. 55): u mikroprzedsiębiorcy od 13 lipca 2025 r. to 6 dni roboczych w roku, u małego 18, u średniego 24, u pozostałych 48. Limity mają wyłączenia, m.in. kontrolę zasadności zwrotu VAT.
• Kontrola kończy się protokołem. Na zastrzeżenia do protokołu masz 14 dni (art. 291 § 1). To ostatni moment, żeby wprowadzić własne dowody do akt, zanim organ wszczyna postępowanie podatkowe.

Kontrola celno-skarbowa (ustawa o KAS, art. 62–83)

• Prowadzi ją naczelnik urzędu celno-skarbowego. Nie ma zawiadomienia: kontrola zaczyna się z chwilą doręczenia upoważnienia, a w pilnych przypadkach na podstawie legitymacji służbowej.
• W ciągu 14 dni od doręczenia upoważnienia możesz złożyć korektę deklaracji za kontrolowany okres. Korekta w tym terminie kończy sprawę w zakresie, którego dotyczy, i ma znaczenie dla odpowiedzialności karnej skarbowej. Nie jest jednak neutralna: to przyznanie, że rozliczenie było błędne.
• Limity czasu kontroli z Prawa przedsiębiorców nie obowiązują w taki sam sposób jak w kontroli podatkowej. Kontrola celno-skarbowa potrafi trwać ponad rok.
• Kontrola kończy się wynikiem kontroli, nie protokołem. Od doręczenia wyniku masz 14 dni na korektę (art. 82 ust. 3). Jeżeli jej nie złożysz albo organ jej nie uwzględni, kontrola przekształca się w postępowanie podatkowe (art. 83), które kończy się decyzją.

Główne pole sporu

Spory o VAT: odliczenie, karuzele, należyta staranność

Większość dużych sporów z KAS dotyczy podatku naliczonego. Organ nie twierdzi, że podatnik nie zapłacił swojego podatku, tylko że nie miał prawa odliczyć podatku z faktur zakupu, bo gdzieś w łańcuchu dostaw doszło do oszustwa. Skutek: zaległość równa całemu odliczonemu VAT za kilka lat, odsetki od pierwotnego terminu płatności i dodatkowe zobowiązanie (sankcja VAT z art. 112b i 112c ustawy o VAT).

Co musi wykazać organ

Z orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej (m.in. Kittel C-439/04, Mahagében i Dávid C-80/11 i C-142/11) wynika, że prawa do odliczenia można odmówić tylko wtedy, gdy podatnik wiedział lub powinien był wiedzieć, że uczestniczy w transakcji związanej z oszustwem. Ciężar wykazania tej wiedzy albo tego, że staranność była niewystarczająca, spoczywa na organie. Sama nierzetelność kontrahenta, jego wykreślenie z rejestru VAT po fakcie czy brak zapłaty podatku przez dostawcę nie wystarczą.

Jak wygląda obrona

• Odtworzenie transakcji z dokumentów, które powstały wtedy: zamówienia, korespondencja, potwierdzenia dostaw, dokumenty przewozowe, płatności przelewem, weryfikacja kontrahenta w rejestrach i na białej liście.
• Udział w przesłuchaniach świadków i kontrahentów. Protokoły przesłuchań z innych postępowań włączane do akt przez organ trzeba czytać i kwestionować, bo to na nich buduje się zarzut.
• Rozdzielenie ogniw łańcucha: to, że dostawca dostawcy nie zapłacił VAT, nie jest wiedzą podatnika o oszustwie.
• Kontrola tego, czy organ nie „domniemywa” złej wiary z samego faktu, że transakcja była opłacalna albo że kontrahent był nowy.

Inne spory o VAT

Osobne kategorie to puste faktury (art. 108 ustawy o VAT: podatek należny z samej faktury, niezależnie od tego, czy była dostawa), stawka VAT, moment powstania obowiązku podatkowego, sprzedaż nieruchomości uznana za działalność gospodarczą oraz spory o to, kto jest podatnikiem od sprzedaży w modelach agencyjnych i franczyzowych. Ten ostatni problem opisujemy na przykładzie sporu o VAT w sieci Żabka.

Drugi tor

KKS: kiedy spór podatkowy staje się sprawą karną

Postępowanie karne skarbowe jest odrębne od podatkowego i dotyczy osób, nie spółki. Odpowiada ten, kto zajmował się sprawami gospodarczymi podatnika: członek zarządu, właściciel, czasem dyrektor finansowy albo księgowa. Typowe zarzuty to nierzetelna deklaracja (art. 56 KKS), wystawienie lub posłużenie się nierzetelną fakturą (art. 62 § 2 KKS) i narażenie na bezpodstawny zwrot (art. 76 KKS). Przy fakturach na dużą kwotę w grę wchodzą też przepisy Kodeksu karnego o fałszerstwie faktur (art. 270a i 271a KK), z zagrożeniem karą pozbawienia wolności.

Dlaczego oba tory trzeba prowadzić razem

• Wszczęcie postępowania karnego skarbowego zawiesza bieg przedawnienia zobowiązania podatkowego (art. 70 § 6 pkt 1 Ordynacji). Organy potrafią wszczynać je tuż przed upływem 5 lat. Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale I FPS 1/21 uznał, że sąd administracyjny może badać, czy wszczęcie nie było instrumentalne.
• Wyjaśnienia złożone w kontroli trafiają do akt karnych. To, co w kontroli wygląda na współpracę, w postępowaniu karnym bywa przyznaniem.
• Korekta deklaracji i zapłata podatku mogą wyłączyć karalność (art. 16a KKS), ale tylko na warunkach z tego przepisu i tylko wtedy, gdy podatnik faktycznie chce zamknąć spór podatkowy. W sprawie, którą warto wygrać merytorycznie, korekta „dla świętego spokoju” jest błędem.
• Członek zarządu odpowiada też majątkiem za zaległości spółki (art. 116 Ordynacji). Ryzyko i termin przedawnienia można sprawdzić w bezpłatnym kalkulatorze Dom za spółkę.

Terminy, które biegną od doręczenia

Kalendarz sporu

• 7–30 dni od zawiadomienia do wszczęcia kontroli podatkowej (art. 282b Ordynacji).
• 14 dni od doręczenia upoważnienia w kontroli celno-skarbowej na korektę deklaracji.
• 14 dni na zastrzeżenia do protokołu kontroli podatkowej (art. 291 § 1).
• 14 dni od doręczenia wyniku kontroli celno-skarbowej na korektę (art. 82 ust. 3 ustawy o KAS).
• 72 godziny pierwszej blokady STIR; przedłużenie do 3 miesięcy, z zażaleniem do Szefa KAS.
• 14 dni na odwołanie od decyzji (art. 223 § 2 Ordynacji).
• 30 dni na skargę do wojewódzkiego sądu administracyjnego i 30 dni na skargę kasacyjną do NSA.
• 5 lat od końca roku, w którym upłynął termin płatności, na przedawnienie zobowiązania (art. 70 § 1), z zawieszeniami i przerwaniami, które organ potrafi wykorzystywać.

Wszystkie te terminy liczy się od dnia doręczenia. Pismo odebrane przez pracownika, awizowane i nieodebrane, doręczone na e-Doręczenia albo do skrzynki w e-Urzędzie Skarbowym uruchamia bieg terminu tak samo. Data odbioru to pierwsza rzecz, którą ustalamy w rozmowie.

Kto prowadzi sprawę

Rafał Szuwara

Prawnik, właściciel Kancelarii Prawno-Podatkowej Rafał Szuwara. Od 2013 roku prowadzi kontrole podatkowe i celno-skarbowe, spory o VAT, postępowania podatkowe i sprawy karne skarbowe przedsiębiorców. Biura w Płocku i Warszawie. Praca magisterska na Uniwersytecie Warszawskim dotyczyła kontroli przedsiębiorcy, studia doktoranckie ze skarbowości i finansów obejmują badania nad kontrolą VAT. Reprezentuje przedsiębiorców w sprawach o wysokiej wartości sporu, w tym w postępowaniach dotyczących zarzutów udziału w mechanizmach oszustw VAT. Więcej: Rafał Szuwara.